第61回全国高校軟式野球選手権大会に出場する、全16校が決定した。
昨夏の全国選手権優勝で大会連覇を狙う作新学院（北関東・栃木）と同準優勝の能代（北東北・秋田）がともに出場権を得た他、上田西（北信越・長野）や新田（四国・愛媛）など近年の常連校も出場を決めた。
初出場は桜丘（東海・愛知）と柳井商工（西中国・山口）の2校。前回の出場から最も期間が空いたのは拓殖大紅陵（南関東・千葉）で18年ぶりの出場となる。
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代表16校一覧
| 北海道 | 登別明日 | 4年ぶり2度目 |
| 北東北 | 能代（秋田） | 3年連続17度目 |
| 南東北 | 仙台商（宮城） | 3年連続14度目 |
| 北関東 | 作新学院（栃木） | 3年連続29度目 |
| 東京 | 早大学院 | 2年ぶり4度目 |
| 南関東 | 拓殖大紅陵（千葉） | 18年ぶり2度目 |
| 北信越 | 上田西（長野） | 3年連続5度目 |
| 東海 | 桜丘（愛知） | 初出場 |
| 近畿 | 天理（奈良） | 5年ぶり14度目 |
| 大阪 | 河南 | 2年ぶり3度目 |
| 兵庫 | 報徳学園 | 8年ぶり2度目 |
| 東中国 | 井原（岡山） | 8年ぶり2度目 |
| 西中国 | 柳井商工（山口） | 初出場 |
| 四国 | 新田（愛媛） | 5年連続18度目 |
| 北部九州 | 糸島農（福岡） | 8年ぶり2度目 |
| 南部九州 | 文徳（熊本） | 2年ぶり4度目 |
組合せは8月13日に高野連の代理抽選によって決まる。大会は8月24日から29日まで、明石トーカロ球場と今大会より高砂市野球場に代わり採用されたウインク球場（姫路球場）にて行われる。また、準々決勝の翌日（日程が順調に進めば8/27）に休養日が初めて設けられる。
2016 第61回全国高校軟式野球選手権大会 地方予選まとめ
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